Urodził się 6 stycznia 1694 we wsi Wysoczka, w rodzinie drobnej szlachty wielkopolskiej. Od dzieciństwa odznaczał się miłością do biednych.
Melchior początkowo uczył się w domu pod kierunkiem studenta z kolegium jezuickiego w Poznaniu. Potem ze swoim bratem Michałem dostał się do tej uczelni, której rektorem i wykładowcą był słynny tłumacz Biblii na język polski, Ks. Jakub Wujek (+1597). Po trzech latach nauki Melchior opuścił jednak kolegium. Przyczyną była prawdopodobnie choroba i śmierć ojca.
Po krótkim pobycie w domu zaciągnął się do wojska. W 1715 r. opuścił wojsko i wstąpił do Zakonu Braci Mniejszych Konwentualnych w Krakowie, otrzymał imię zakonne Rafał. Śluby wieczyste złożył 26 kwietnia 1716 roku, a w czerwcu 1717 roku otrzymał święcenia kapłańskie.
Jako kaznodzieja zasłynął z prostych homilii, bez próby uwodzenia kwiecistym potokiem słów. Najwięcej czasu poświęcał dla spowiadających się. Według zeznań świadków o. Rafał przystępował bez obrzydzenia do ludzi leżących w barłogach, z których wydzielał się niesamowity smród. Posilał ich czym mógł, pokrzepiał rozdając chleb, pocieszając, słuchając spowiedzi, a zmarłych grzebał. Jak to często bywa, spotkał się z niezrozumieniem czy nawet pogardą ze strony swoich współbraci, którzy nazywali go „dziadowskim biskupem”.
O. Rafał zmarł mając 47 lat. Jego ciało spoczywa w klasztorze Franciszkanów w Łagiewnikach.
9 czerwca 1991 roku w Warszawie, papież Jan Paweł II ogłosił go błogosławionym. Mimo wielu lat, które upłynęły od śmierci Rafała, jego ciało jest wciąż w znakomitym stanie.