Urodził się w rodzinie szlacheckiej w 1549 roku w Montilli, w Hiszpanii. Uczył się początkowo u jezuitów w swym rodzinnym mieście. Już wtedy zabłysnął niezwykłą inteligencją, umiłowaniem modlitwy oraz serdecznym duchem koleżeństwa. W roku 1569 przywdział habit franciszkański. W czasie nowicjatu poddał się surowym praktykom pokutnym. Po odbyciu studiów filozoficznych i teologicznych przyjął w 1576 roku święcenia kapłańskie. Po studiach chciał pracować wśród muzułmanów w Maroku, ale przełożeni mianowali go mistrzem nowicjuszy. Gdy w Sierra Morena w prowincji Andaluzja wybuchła epidemia cholery, zasłynął z odwagi i wielkiego poświęcenia. I choć sam zaraził się od chorych, szybko odzyskał zdrowie i nadal mógł służyć innym aż do wygaśnięcia epidemii. Franciszek znany był w południowych prowincjach Hiszpanii jako misjonarz ludowy i kaznodzieja.
Po jakimś czasie wysłano go jednak na misje do Ameryki Południowej. Jako misjonarz głosił Chrystusa już w drodze do Ameryki. Przez długi czas podróży udało mu się przygotować do chrztu grupę niewolników murzyńskich. W drodze, podczas rejsu, rozbił się okręt, którym płynęli. Załoga, by móc płynąć dalej, pozbyła się na bezludnej wyspie kilkudziesięciu Murzynów. Został z nimi Franciszek, tam ich ochrzcił. Po kilku miesiącach zostali uratowani i innym statkiem kontynuowali podróż.
Obszarem jego pracy misyjnej były dzisiejsze terytoria Argentyny, Paragwaju, Boliwii i Peru. Przez 20 lat przemierzał tamte tereny nauczając i chrzcząc ogromną rzeszę Indian. Miał dużą łatwość w uczeniu się języków obcych, władał narzeczami kilku plemion indiańskich. Jego pociechą w trudach pracy apostolskiej była gra na lirze. Był obdarzony wieloma charyzmatami; nazywano go "cudotwórcą Nowego Świata". Wieczorami, po wypełnionym dniu, lubił siadywać z lirą i przygrywał swoim modlitwom.
Przez dwa miesiące przed śmiercią bardzo cierpiał. Umarł w Limie 14. VII. 1610 roku podczas mszy św. Jego ostatnie słowa na ziemi brzmiały: „Bogu samemu chwała i uwielbienie”.
Niemal natychmiast wszczęto proces beatyfikacyjny. Urban VIII zawiesił go w roku 1634 z uwagi na - przedwczesny kult, oddawany przed podjęciem przewidzianych decyzji. Beatyfikował go Klemens X (1675). Kanonizacji dopełnił w roku 1726 Benedykt XIII.
Jest orędownikiem przeciw trzęsieniom ziemi.