Franciszek został kanonizowany 16 lipca 1228 roku w Asyżu, zaledwie dwa lata po śmierci, przez papieża Grzegorza IX, który znał go osobiście, był jego przyjacielem i opiekunem jeszcze jako kardynał. Mając na względzie rychłą kanonizację, papież ów przedsięwziął wszelkie środki, aby oddać cześć przyjacielowi. Zlecił bratu Tomaszowi z Celano napisanie pierwszej oficjalnej biografii Franciszka, aby cały Kościół mógł poznać nowego świętego. Jeszcze przed kanonizacją rozpoczął budowę olbrzymiej bazyliki w Asyżu, którą zakończono w bardzo krótkim terminie jak na owe czasy (a także jak na obecne czasy). W czasie wszczętego przez Grzegorza IX procesu wysłuchano świadectw osób uzdrowionych za przyczyną Franciszka. Na zakończenie procesu papież zwołał specjalny konsystorz, na którym kolegium kardynalskie wyraziło swą przychylność dla idei kanonizacji Franciszka. W samym dniu kanonizacji, w czasie uroczystości, która miała miejsce przed kościołem św. Jerzego w Asyżu, interweniował w imieniu wszystkich kardynałów cysters Ranieri Capocci di Viterbo. Zaraz po uroczystym ogłoszeniu Franciszka świętym, papież udał się do wnętrza kościoła, by uczcić jego grób. W uroczystościach kanonizacyjnych uczestniczył m.in. Jan z Brienne, król Jerozolimy, który u kresu swego życia wstąpił do franciszkanów.
Św. Franciszek z Asyżu jest patronem: albertynów, franciszkanów, kapucynów, franciszkanów konwentualnych, bernardynek, kapucynek, klarysek, koletanek, tercjarzy, mariawitów; Włoch, Asyżu, Bazylei; Akcji Katolickiej; aktorów, ekologów, niewidomych, pokoju, robotników, tapicerów, ubogich, więźniów, kupców, zwierząt, harcerzy i hodowców ptactwa domowego.
Św. Franciszek z Asyżu przedstawiany jest w brązowym habicie franciszkańskim z kapturem, przepasany białym sznurem z trzema węzłami, symbolizującymi trzy składane przez braci mniejszych śluby: posłuszeństwa, ubóstwa i czystości. Na wielu wizerunkach Franciszek trzyma w ręku krucyfiks, a u jego stóp znajduje się czaszka – symbole pokuty i umartwienia. Artyści niejednokrotnie ukazują go ze stygmatami, które otrzymał: przebitym bokiem, rękami i stopami. Współcześni artyści często przedstawiają Franciszka w otoczeniu zwierząt, ze względu na braterstwo stworzeń, jeden z elementów duchowości minoryckiej.