Urodził się w 1502 roku w Gudenie w Hiszpanii, w biednej chłopskiej, religijnej rodzinie. Gdy był dzieckiem pracował u rolników, a także dużo czasu spędzał na modlitwie. Przez 8 lat najmował się do pracy kolejno u dwóch osadników. Zapłatę za pracę i pomoc oddawał starszym już rodzicom i młodszym siostrom. W 1533 roku po śmierci rodziców i po zamążpójściu sióstr, mając 31 lat wyjechał do Meksyku. Tam początkowo pracował na roli, zajmował się hodowlą zwierząt, kupiectwem i handlem, ostatecznie budował drogi. Założył pierwsze w Ameryce, profesjonalne przedsiębiorstwo drogowe, zatrudniające głównie Indian, za opłatą. Starał się o uwolnienie więźniów i niewolników, czym zyskał szacunek u osadników oraz Indian. Wraz z budową dróg założył kolejne przedsiębiorstwo – karoc i ciężkich wozów towarowych, ciągnionych przez woły, które trzeba było reprodukować, co pozwoliło obrotnemu chłopskiemu przedsiębiorcy założyć profesjonalną hodowlę zwierząt pociągowych. Sebastian w krótkim czasie doszedł do ogromnego majątku, z którego finansował budowę kościołów i klasztorów, szpitali i przytułków. Nigdy nie zapominał o modlitwie oraz pokucie. Regularnie przyjmował sakrament pokuty i uczestniczył we Mszy św.
Dwukrotnie był żonaty. Pierwsza małżonka, szlachcianka, zmarła krótko po ślubie, druga uległa śmiertelnemu wypadkowi. Kolejne lata upływały mu na ciężkiej pracy, odważnych decyzjach i dziełach charytatywnych. W roku 1573, kiedy miał 71 lat podjął decyzję wstąpienia do zakonu franciszkanów w Puebli, ale z powodu posuniętego w latach wieku nie przyjęto go. Udał się do miasta Meksyk i tam zapukał do furty klasztornej, gdzie jednym głosem przeszła na kapitule decyzja o przyjęciu Sebastiana w charakterze brata zakonnego z obowiązkiem kwestowania. Został przydzielony do klasztoru w Puebli. Wtedy Sebastian pozbył się swego majątku, rozdając pieniądze Indianom i żeńskim klasztorom w Puebli. Żył jeszcze 27 lat jako niezmordowany kwestarz, dając przykład pokory, posłuszeństwa, modlitwy i pokuty. Jego charytatywna praca dała mu przydomek „Anioł Meksyku”. Zmarł w opinii świętości, 25 lutego 1600 roku w wieku 98 lat. Jego ciało nie uległo rozkładowi i do dziś jest pokazywane w wystawach publicznych. Beatyfikował go papież Pius VI w 1789 roku. Znany jest jako patron podróżnych.