Święto poświęcenia Bazyliki św. Franciszka z Asyżu to chwila wielkiej duchowości dla całej rodziny franciszkańskiej, do której należą trzy zakony: franciszkanie, klaryski oraz franciszkanie świeccy. Franciszkanie gromadzą się, aby uczcić to wydarzenie, a także wzmocnić więź gałęzi, które pochodzą z jednego drzewa św. Franciszka.
Bazylika św. Franciszka, w której spoczywają relikwie św. Franciszka z Asyżu, została konsekrowana przez papieża Innocentego IV, 25 maja 1253 roku. Jest ona „głową i matką” wszystkich kościołów franciszkańskich. Została zbudowana na Wzgórzu Piekielnym, na którym kiedyś wykonywano wyroki śmierci. Podarował je zakonowi mieszkaniec Asyżu, Szymon Pucciarelli. Ponieważ reguła zakonu nie pozwalała na posiadanie dóbr, teren ten już od 1228 r. stał się własnością Watykanu.
Dzień po kanonizacji św. Franciszka, w dniu 17 lipca 1228 r., papież Grzegorz IX, który był przyjacielem i świadkiem jego życia, poświęcił kamień węgielny pod budowę świątyni i zmienił nazwę wzgórza na Wzgórze Rajskie. Polecił także Tomaszowi z Celano napisać biografię Biedaczyny, która nosi tytuł „Życiorys pierwszy św. Franciszka”. Dwupoziomową bazylikę, zbudowaną w stylu gotycko-romańskim, zaprojektował przełożony generalny Zakonu, Eliasz Buonbarone. Budowa dolnego kościoła trwała zaledwie dwa lata, dzięki entuzjazmowi i aktywnemu udziałowi wszystkich mieszkańców Asyżu. 25 maja 1230 roku w uroczystej procesji przeniesiono tutaj z kościoła św. Jerzego ciało św. Franciszka i pochowano je w krypcie pod głównym ołtarzem.
W 1239 roku zakończono prace nad wznoszeniem bazyliki, klasztoru i dzwonnicy. Całe lata trwało ozdabianie świątyni. Uwagę zwracają niezwykle cenne freski. Ich autorami są mistrzowie czterech szkół malarskich: Giunto Pisano i Maestro di San Francisco pochodzili z Pizy, Cimabue i Giotto z Florencji, Jacopo Torritti, Pietro Cavallini i Filippo Rusuti z Rzymu, a Pietro Lorenzetti i Simone Martini ze Sieny. Znajdujący się przy bazylice klasztor franciszkański, zwany Sacro Convento, zbudowano w XIV i XV w.
25 marca 1754 roku papież Benedykt XIV nadał jej tytuł bazyliki patriarchalnej oraz kaplicy papieskiej. Podnosząc do godności bazyliki większej, jednocześnie włączył ją do grona świątyń o największej randze w całym Kościele.
Bazylika została znacznie uszkodzona w czasie trzęsienia ziemi 8 września 1997 r. Zginęło wtedy 4 zakonników, w tym jeden Polak. Sklepienie bazyliki odbudowano, jednak nie udało się odtworzyć części fresków. W roku 2000 bazylika została wpisana na listę światowego dziedzictwa kulturowego UNESCO.