Św. Franciszek zmarł przy kaplicy Porcjunkuli w sobotę wieczorem 3 października 1226 r. Następnego dnia złożono jego ciało do drewnianej trumny, przeniesiono procesjonalnie do Asyżu i pochowano w kościele św. Jerzego. Później umieszczono je w kamiennym sarkofagu, otwartym od góry, okolonym wokół żelazną, gęstą kratą, aby uchronić ciało przed ewentualną kradzieżą. Górna krata pozwalała widzieć ciało Franciszka. Ze względu na wrastającą liczbę pielgrzymów nawiedzających grób, papież Grzegorz IX, świadek jego życia z czasów, gdy był jeszcze kardynałem, 29 kwietnia 1228 roku w Rieti, wydał bullę Recolentes, w której obwieścił światu potrzebę zbudowania nowego kościoła i przeniesienia do niego grobu Franciszka. Świątynia miała być podporządkowana bezpośrednio Biskupowi Rzymu. Brat Eliasz, który 30 marca 1228 roku otrzymał od papieża teren pod świątynię, naszkicował plany budynku.
16 lipca 1228 roku, zaledwie 2 lata po śmierci św. Franciszka, papież Grzegorz IX kanonizował go, a dzień później poświęcił kamień węgielny pod budowę nowej świątyni. Budowa dolnego kościoła trwała dwa lata.
25 maja 1230 r. miało miejsce uroczyste przeniesienie ciała św. Franciszka z kościoła św. Jerzego do nowej świątyni. Sarkofag z ciałem Świętego umieszczony na specjalnie przygotowanym powozie, ciągnięty był przez kilka par wołów, przykrytych purpurą. Pochód przeszedł głównymi ulicami Asyżu. Grupa rycerzy wniosła sarkofag do świątyni, zamykając drzwi przed braćmi i całym ludem, biorącym udział w uroczystości. Eliasz ukrył ciało św. Franciszka w otworze wydrążonym w skale pod głównym ołtarzem kościoła dolnego. Aż do czasów papieża Sykstusa IV można było zobaczyć ciało Świętego dzięki małemu korytarzykowi podziemnemu, który prowadził do samego sarkofagu. Przywileju tego udzielano rzadko i tylko wielkim osobistościom, np. papieżom i przełożonym generalnym Zakonu podczas ich wizyty w klasztorze. Prawdopodobnie w 1476 r. za pontyfikatu Sykstusa zamurowano ów korytarzyk i odtąd grób stał się zupełnie niedostępny. W wiekach XVI-XVIII podejmowano próby odkrycia grobu, jednak za każdym razem bezskutecznie. Relikwie Franciszka zostały odnalezione dopiero w 1818 roku. Po dokładnym sprawdzeniu ich autentyczności, papież Pius VII w dokumencie Assisiensem basilicam z 5 września 1820 roku, uroczyście ogłosił całemu światu, że odnaleziono ciało św. Franciszka. Projektem nowego miejsca pochówku zajął się papieski architekt Pasquale Bellega. Relikwie złożono w wykutej w skale kaplicy, w szerokiej kolumnie ustawionej w miejscu znalezienia ciała. W 1932 roku krypcie nadany został surowy, neoromański charakter. Kolumnę – grobowiec umieszczony w centrum kaplicy otacza ozdobna krata.