Urodziła się w 1205 r. w Pradze jako córka króla Czech, Przemysława Ottokara I. Planowano wydać ją za jednego z synów Henryka Brodatego. Małżeństwo to nie doszło jednak do skutku. Podobnie późniejsze plany wydania jej za syna cesarza Fryderyka II również nie zostały zrealizowane. Następnie planowano wydać ją za samego cesarza Fryderyka II. To małżeństwo również nie doszło do skutku. Wtedy oddała się praktyce życia chrześcijańskiego i ćwiczeniom ascetycznym. Dokończyła fundację swojego brata Wacława I dla franciszkanów. Kiedy od braci dowiedziała się o św. Franciszku z Asyżu i jego duchowej siostrze, św. Klarze, zapragnęła żyć tak jak oni, praktykując franciszkańskie ubóstwo. Przez długie lata korespondowała ze św. Klarą i z ówczesnym papieżem. Głęboka korespondencyjna przyjaźń Agnieszki i Klary trwała blisko dwadzieścia lat. W 1233 r. Agnieszka ufundowała w Pradze na ziemi podarowanej przez brata, Wacława I, szpital im. św. Franciszka, przy którym pomogła też utworzyć wspólnotę Krzyżowców z Czerwoną Gwiazdą (CRSCr) posługującą biednym, chorym i pielgrzymom, a która w 1237 r. otrzymała od papieża Grzegorza IX prawa zakonne. W 1234 roku ufundowała dwa pierwsze - żeński i męski klasztory franciszkańskie w Pradze Czeskiej. A w następnym roku uzyskała od Stolicy Apostolskiej zgodę na wstąpienie do zakonu sióstr klarysek, i w uroczystość Zesłania Ducha Świętego złożyła śluby czystości, ubóstwa i posłuszeństwa. Jej decyzja stała się głośna w całej ówczesnej Europie, a ufundowany przez nią klasztor stał się ośrodkiem odnowy religijnej, promieniującym na całą Europę Środkową. Agnieszka Czeska angażowała się w różne akcje mediacyjne. Przypisywano jej także dar proroctwa i umiejętność czytania w ludzkich sercach. W swoim dosyć długim życiu, naznaczonym chorobami i cierpieniami, Agnieszka z miłości do Boga i z ogromnym poświęceniem wypełniała posługi miłosierne wobec wszystkich potrzebujących. Zmarła w opinii świętości jako ksieni klarysek 2 lub 6 marca 1282 r. Św. Jan Paweł II kanonizował ją 12 listopada 1989 roku w Rzymie.