Juan Garavito y Vilela de Sanabria urodził się w 1499 roku w Alcantara, małym hiszpańskim miasteczku na granicy z Portugalią,. Pochodził z arystokratycznej rodziny. Jego ojciec był gubernatorem, matka była szlachcianką. Studiował gramatykę i filozofię w rodzinnym mieście, a następnie prawo na uniwersytecie w Salamance. W wieku szesnastu lat wstąpił do franciszkanów obserwantów w Manjares przyjmując imię Piotr. Sześć lat później został wysłany do Badajoz, do nowo ufundowanego klasztoru. Święcenia kapłańskie otrzymał w 1524 r. Został gwardianem klasztorów w Bajadoz i Plasencji, a później prowincjałem domów obserwantów w Hiszpanii i Portugalii. Pełniąc ten urząd dążył do przywrócenia surowych zasad w zakonie zgodnie z pierwszą Regułą. Dawał przykład surowej pokuty i ubóstwa. Spał cztery godziny na dobę w pozycji siedzącej, przez cały rok chodził boso i zachowywał ustawiczny post. Podczas kapituły w Plasencji w 1540 r. zaprezentował Konstytucje dla członków ściślejszej obserwancji, co spotkało się z gwałtowną opozycją współbraci. Zrezygnował z urzędu i udał się wraz z św. Janem z Avila do eremu w Górach Arrabida w Portugalii. Obaj dołączyli do przebywającego w odosobnieniu ojca Martina da Santa Maria. Bardzo szybko do eremitów franciszkańskich przyłączali się nowi naśladowcy. W ten sposób powstały niewielkie wspólnoty, z których później ukonstytuowała się prowincja franciszkańska ściślejszej obserwancji. Piotr został wybrany magistrem nowicjuszy i gwardianem klasztoru w Pallais. W 1553 r. wrócił do Hiszpanii. Początkowo przebywał w odosobnieniu, a następnie odbył boso daleką podróż do Rzymu, gdzie w 1554 r. otrzymał pozwolenie papieża Juliusza II na zreformowanie życia zakonnego poprzez wprowadzenie pierwotnej reguły franciszkańskiej. Na mocy tego pozwolenia mógł zakładać ubogie konwenty, które znalazły się pod jurysdykcją generała franciszkanów konwentualnych. W 1562 r. założona przez Piotra z Alkantary prowincja została podporządkowana generałowi obserwantów. Założył klasztory w Perdosa, Plasencia i w innych miejscowościach. Zakonnicy z tej nowej, zreformowanej gałęzi, nazywani "alkantarystami", dotrwali do unii braci mniejszych obserwantów, która miała miejsce w 1897 roku.
Ojciec Piotr przyjaźnił się ze św. Teresą z Avili, reformatorką zakonu karmelitańskiego. Przez pewien czas był jej spowiednikiem i kierownikiem duchowym. Miał duży udział w odnowie tego zakonu. Medytacja i modlitwa były dla niego jedyną słuszną drogą ku Bogu. Był jednym z wielkich kaznodziejów i mistyków żyjących w Hiszpanii w XVI wieku. Pozostawił wiele pism, w których opisał także swoje przeżycia duchowe.
Zmarł 18 października 1562 r. w opinii świętości w Arenas de San Pedro. Został beatyfikowany w 1622 roku przez papieża Grzegorza XV, a kanonizowany 42 lata później przez papieża Klemensa IX.