Urodził się ok. 1200 roku w Łobdowie, koło Brodnicy, w rodzinie mieszczańskiej. Do zakonu św. Franciszka wstąpił stosunkowo niedługo po jego powstaniu. Był jednym z pierwszych polskich franciszkanów konwentualnych prowincji czesko-polskiej. Około 1239 r. brał udział w pracach nad założeniem w Toruniu pierwszego franciszkańskiego klasztoru. Przyjął święcenia kapłańskie i zasłynął jako dobry kaznodzieja. Spędził w Toruniu wiele lat swego zakonnego życia. Później przeniesiono go do powstałego w 1258 r. klasztoru franciszkańskiego w Chełmnie. W zakonie pełnił funkcje nauczycielskie, ucząc młodszych współbraci teologii. Zakon nadał mu tytuł doktora teologii. Był zakonnikiem gorliwym w zachowaniu reguły i rozmiłowanym w modlitwie. Posiadał dar kontemplacji i doznał łaski przeżyć mistycznych. Wyróżniał się szczególnym nabożeństwem do Matki Bożej i Dzieciątka Jezus. Był kierownikiem duchowym bł. Juty z Chełmży. Z jego osobą, zarówno za jego życia jak i po śmierci, są związane cudowne zjawiska.
Zmarł 9 października 1264 r. w Chełmie. Został pochowany w kościele Franciszkanów pw. św. Jakuba. Za zgodą papieża Urbana VIII w roku 1638 biskup chełmski Jan Lipski wydał dekret zezwalający na kult publiczny Jana Łobdowczyka, jednak jego proces beatyfikacyjny nie został jeszcze zakończony. Jest patronem żeglarzy i flisaków.