Urodził się 8 maja 1786 roku w wiosce Dardilly we Francji. Dorastał w czasach prześladowań rewolucji francuskiej. Jako czterolatek zrozumiał, że modlić się można wszędzie. Pomagał rodzicom w gospodarstwie. Wspominał: "Podczas przerw w pracy udawałem, że odpoczywam lub śpię jak inni, a tymczasem gorąco się modliłem do Boga". Z powodu prześladowań w wieku 13 lat, potajemnie przystąpił do pierwszej Komunii św. Naukę pisania i czytania zaczął dopiero w wieku 17 lat. Czas dorastania był również czasem dojrzewania w nim powołania kapłańskiego. W tym dojrzewaniu do święceń wspierał go proboszcz z Ecully, ksiądz Balley, który uczył go łaciny, lecz bez specjalnych rezultatów. Mimo to, w roku 1811 został przyjęty do seminarium duchownego w Lyonie, jednakże z powodu trudności w nauce był dwukrotnie z niego usuwany. Wikariusz generalny pozwolił Janowi składać egzaminy nie po łacinie, ale w języku francuskim. W roku 1815 przyjął święcenia kapłańskie w Grenoble. Trzy lata był wikarym w Ecully, a następnie został proboszczem w parafii Ars. Była to wieś licząca w tym okresie 270 mieszkańców, ludzi biednych i niereligijnych, o których złośliwie mawiano, że "tylko chrzest różni ich od bydląt". Na niedzielną mszę przychodziło zaledwie kilka osób. Powoli liczba osób chodzących do kościoła i przystępujących do sakramentów zaczęła rosnąć. Nie wszystko przyszłemu świętemu szło gładko. Kiedy - mimo jego wielkiej ofiarności, modlitwy, postów i kazań - ludzie nie chcieli się nawrócić, uciekał z Ars, a gorliwość swoją umacniał biczując się codziennie. Biskup nakazywał mu jednak każdorazowo powrót do swojej parafii. W Lyonie miał spowiednika - o. Leona, który był kapucynem. Poznając historię zakonu franciszkanów, zapragnął do niego wstąpić. Nie uzyskał zgody spowiednika, który tłumaczył mu, że więcej może uczynić dobrego pozostając w parafii, niż wstępując do zakonu. Gdy nadal usilnie nalegał, o. Leon wskazał mu trzeci zakon i przedstawił jego regułę. Proboszcz z Ars poprosił wtedy o habit tercjarski. W 1848 r. został przyjęty do III Zakonu św. Franciszka i od tego czasu zawsze chodził w habicie franciszkańskim, przepasany białym sznurem. Zasłynął jako spowiednik, który potrafił przenikać ludzkie serca i sumienia oraz przepowiadać ludziom ich przyszłe losy, a także dawać dobre rady. Ludzie na wieść o nadzwyczajnych znakach i cudach zaczęli masowo pielgrzymować do Ars. Spowiadał ich po kilkanaście godzin na dobę. W 1853 r. biskup przysłał mu do pomocy księży misjonarzy, aby zajmowali się pielgrzymami, których liczba dochodziła do około 10 tysięcy rocznie. Nękany ponadto przez ataki szatana i pokusy rozpaczy żył w Ars jak męczennik. Swoim penitentom zwykł nakładać lekką pokutę, resztę "brał na siebie". Wyniszczony chorobami i ascezą, podczas przyjmowania ostatnich sakramentów zaczyna płakać. "Czy czuje się ksiądz gorzej?" - pytają go. "Nie - odpowiada - płaczę na myśl, jak bardzo nasz Pan jest dobry, że przychodzi do nas w ostatniej chwili". Umiera 4 sierpnia 1859 roku.
Pius X beatyfikował go 8 stycznia 1905 roku, a 31 maja 1925 roku Pius XI dokonał aktu jego kanonizacji, ustanawiając go patronem kapłanów i proboszczów.