Urodził się 20 maja 1907 w małej wsi Sankt Radegund w Górnej Austrii. Był nieślubnym dzieckiem. Wzrastał pod opieką babci. W 1917 roku po ślubie matki z Heinrichem Jägerstätter, Franciszek został przez niego adoptowany i przybrał nazwisko Jägerstätter. Stał się praktykującym katolikiem, ale prowadził zbyt "swobodne życie". Był chuliganem. Ludzie zapamiętali go z bójek z użyciem łańcuchów i noży, i szalejącego jedynym we wsi - motocyklem. Powtórzył w swoim młodym życiu – życie swej matki i ojca: miał z nieformalnego związku z Theresią Auer córkę, którą uznał i bardzo kochał, ale nie chciał matce płacić alimentów. Podjął prace jako górnik, lecz po śmierci ojczyma przejął gospodarstwo i został rolnikiem. Spoważniał tuż przed trzydziestką, ustatkował się, ożenił, ale nie z mamą córki. W 1936 roku poślubił Franciszkę Schwaniger, z którą miał trzy córki. I to dopiero założone domowe ognisko sprawiło, że jego życie straciło piętno publicznego zgorszenia. Dzięki inspiracji żony zaczął czytać Biblię. To ona wyrobiła w nim duchowy smak, intuicję, jasne poczucie, co jest zgodne z Bożym pomysłem na ten świat, a co nie. Po ślubie namówiła go na pielgrzymkę do Rzymu. Byli na placu św. Piotra, kiedy papież Pius XI udzielał tradycyjnego błogosławieństwa. Błogosławieństwo zstąpiło na nich: kiedy wrócili do wsi, zaczął chodzić codziennie do kościoła i wstąpił do kościelnego ruchu, do Trzeciego Zakonu św. Franciszka. Jego ukoronowaniem odmienionego życia była zaszczytna funkcja wiejskiego kościelnego. W kwestii poglądów politycznych nadal wzbudzał spore emocje będąc zagorzałym przeciwnikiem hitlerowskiego nazizmu. Jako jedyny w swojej wsi głosował przeciwko Anschlussowi, czyli przyłączeniu Austrii do Rzeszy. Odmówił także stanowiska wójta. Konsekwentnie nie pobierał też zasiłków rodzinnych oferowanych przez nazistowski rząd. W 1940 roku służył przez prawie rok w Wermachcie, a po powrocie do domu utwierdził się w przekonaniu, że nazizm jest ruchem satanistycznym. Wybrał się nawet do biskupa, by utwierdzić się w tym przekonaniu, wrócił jednak rozczarowany. W roku 1943 ponownie został powołany do hitlerowskiego wojska i wtedy odmówił złożenia przysięgi wojskowej tłumacząc, że oznaczałoby to popadnięcie w śmiertelny grzech. Został aresztowany, choć zaproponował, że w zamian może służyć jako sanitariusz. Był w tym publicznie wyrażonym przekonaniu niestety osamotniony. Jego proboszcz, a nawet biskup, błagali go, by zmienił decyzję, że dobro rodziny jest wartością wyższą, on twardo trwał na stanowisku, że nie ma takiej ceny, za jaką można by sprzedać swoje sumienie. W listach z więzienia wyjaśniał żonie Franciszce motywy swojej decyzji. Pisał w nich o miłości nieprzyjaciół i o uczestnictwie w cierpieniach i zmartwychwstaniu Chrystusa. Na kilka godzin przed egzekucją pisał do żony: «Najdroższa żono i matko, nie mogłem oszczędzić wam cierpień, które musicie teraz znosić z mojego powodu. Naszemu Zbawicielowi też było ciężko, gdy przez swą mękę i śmierć skazywał swą matkę na tak wielki ból. Ufam Jego nieskończonemu miłosierdziu. (...) Pamiętaj, najdroższa, o obietnicy, którą Jezus złożył tym, którzy świętują dziewięć piątków poświęconych Jego Najświętszemu Sercu. A teraz Jezus przyjdzie do mnie w Komunii świętej i da mi siłę na drogę do wieczności». Został skazany przez wojskowy sąd w Berlinie na karę śmierci przez zgilotynowanie 9 sierpnia 1943 roku. Po zakończeniu wojny organy austriackiego wymiaru sprawiedliwości zrehabilitowały pośmiertnie Jägerstättera, uniewinniając go od stawianych zarzutów, a Kościół przyznał mu rację wynosząc go na ołtarze. Beatyfikacja Franciszka Jägerstättera odbyła się 26 października 2007 r. w katedrze w Linzu. Uczestniczyła w niej - jego żona i cztery córki. Uroczystości przewodniczył na polecenie papieża Benedykta XVI kard. Jose Saraiva Martins.