Urodził się 17 czerwca 1603 roku w Kupertynie, w południowych Włoszech, w biednej, ale głęboko religijnej rodzinie. Był słabego zdrowia, miał ogromne problemy z nauką i ledwo opanował umiejętność czytania oraz pisania. Już jako mały chłopiec modlił się w sposób dojrzały i wyjątkowy. W czasie zabawy czy zajęć w szkole często wpadał w stan wzruszenia, zachwytu i kontemplacji. Od dzieciństwa miał szczególne nabożeństwo do Matki Bożej, to dzięki Jej wstawiennictwu został uzdrowiony z ciężkiej choroby.
W wieku 17 lat wstąpił do klasztoru kapucynów, jednak po ośmiu miesiącach przełożeni stwierdzili, że Józef nie nadaje się do klasztoru z powodu nieudolnego wykonywania zajęć praktycznych. Józef poszukiwał uparcie innego zgromadzenia. W klasztorze franciszkanów konwentualnych w Grotella został przyjęty jako stajenny. Bardzo lubił konie, a siebie nazywał bratem-osłem. Powoli stawał się człowiekiem bardziej zaradnym i praktycznym. Był gorliwy, rozmodlony, surowo pościł i pracował nad sobą. Przełożeni zgodzili się, aby podjął studia teologiczne. Pod kierunkiem wuja, zakonnika, przygotowywał się do święceń. Ledwo udało mu się zdać egzamin. W 1628 roku przyjął święcenia kapłańskie.
W czasie odprawiania Mszy świętej, słysząc dźwięk dzwonów albo imię Maryi czy świętych wpadał w zachwyt, wydawał okrzyk i unosił się nad ziemię, czasem nawet na kilka metrów. Jeśli przebywał akurat w ogrodzie, zdarzało się, że siadał na czubku drzewa. W takim stanie mógł trwać nawet kilkanaście minut, a potem wracał do przerwanego niespodziewanie zajęcia. Ponieważ lewitacje zdarzały się bardzo często, poddano je pod ocenę Świętego Oficjum (ówczesna Kongregacja Nauki i Wiary), które orzekło, że źródło jego uniesień pochodzi od Boga. Wieść o niezwykłym zakonniku rozniosła się po okolicy i wkrótce do franciszkanów zaczęły pielgrzymować tłumy nawet z innych krajów. Aby nie dezorganizować życia zakonników, Józefa przeniesiono do Asyżu, dokąd tak bardzo pragnął się dostać, tam przebywał 14 lat. Pod wpływem ciągle rosnącej popularności, kazano mu się ukryć w klasztorze kapucynów. Przeniesiono go następnie do kapucynów eremitów w Pietrarubbii, Fossombrone. Wreszcie w 1657 roku pozwolono mu wrócić do franciszkanów konwentualnych w Osimie, niedaleko Ankony. Tam też zmarł 18 września 1663 roku. Mimo swego odosobnienia spełniał wiele dzieł apostolskich. Swoje nawrócenie przypisywał mu Jan Fryderyk Saski, książę Brunszwiku i Lüneburga. Maria Sabaudzka, która była jego "św. Klarą", utrzymywała z nim ciągłą korespondencję. Józef był także znany w Polsce na dworze królewskim, liczni możni pielgrzymując do Rzymu nawiedzali grób św. Franciszka w Asyżu i spotykali się z Józefem. Również król Jan Kazimierz spotkał się z Józefem, by zasięgnąć rady na temat nowej drogi, którą postanowił obrać. Dla wielu Józef był żywym odzwierciedleniem św. Franciszka z Asyżu.
Beatyfikował go papież Benedykt XIV (1753), kanonizował zaś Klemens XIII (1767). Józef z Kupertynu uchodzi m.in. - nie bez dozy humoru - za patrona przystępujących do egzaminów.