Św. Klara zmarła 11 sierpnia 1253 roku w klasztorze św. Damiana. Następnego dnia odbył się jej uroczysty pogrzeb, któremu przewodniczył papież Innocenty IV. Jej ciało zostało pochowane w kościele św. Jerzego, usytuowanym poza murami miasta, w grobie, w którym w latach 1226-1230 spoczywało ciało św. Franciszka z Asyżu. Dwa lata po śmierci św. Klary, 15 sierpnia 1255 roku papież Innocenty IV dokonał w Anagni jej kanonizacji. W 1257 roku w miejscu kościoła św. Jerzego rozpoczęto budowę bazyliki św. Klary, konsekrowano ją w roku 1265. Jest ona odtworzeniem górnego kościoła św. Franciszka. 3 października 1260 roku przeniesiono tam ciało Świętej i pochowano w kamiennym sarkofagu pod głównym ołtarzem.
Po odnalezieniu grobu św. Franciszka w XIX wieku, papież Pius IX zezwolił na wydobycie ciała św. Klary spod ołtarza głównego. Właśnie to wydarzenie jest świętowane. Kiedy 23 września 1850 roku otworzono kamienny sarkofag, okazało się, że ciało św. Klary nie ma żadnych śladów rozkładu. Umieszczono je w kryształowej urnie w nowo wybudowanej krypcie i wystawiono na widok publiczny. Kryptę urządzono w latach 1850-1872. Niewielkich przeróbek dokonano w niej w 1934 roku. Pośrodku krypty, nad ołtarzem, można zobaczyć miejsce, gdzie spoczywało ciało Świętej przez sześć wieków.